Parece ser que todos los documentos referentes a la llegada del Santo Cristo a Balaguer se perdieron, probablemente quemados en la destrucción del "Castell Formós" (Castillo Hermoso) en el siglo XV. Ya en el año 1585 encontramos transcrita la leyenda del Santo Cristo que aún se transmite de padres a hijos en Balaguer:
La imagen del Santo Cristo fue esculpida por Nicodemo, quien había quedado profundamente conmovido por la muerte de Cristo en la cruz y que quería reflejar aquel sufrimiento divino sobre la madera. Talló poco a poco el cuerpo de Cristo, pero al llegar al rostro no conseguía plasmar tanto sufrimiento. Después de varios intentos se sintió cansado y descorazonado y se durmió. Mientras dormía soñó que los ángeles esculpían el rostro a la imagen. Al despertar se encontró el rostro de Cristo tal como él lo había imaginado.
Nicodemo llevó la imagen a su casa de Jerusalén. María y los apóstoles la vieron y ante tanta perfección de la imagen se arrodillaron y la besaron.
Durante una de las persecuciones de los cristianos, la imagen fue trasladada a Beirut, donde fue venerada en un subterráneo pr un peqeño grupo de cristianos que huían de los tormentos. Un día estos cristianos tuvieron que darse a la fuga y abandonar la imagen encerrada en un armario.
Pasados muchos años aquella casa fue adquirida por un judío de nombre Eleazar More.
Eleazar fe acusado de cristiano por judíos que descubrieron la imagen en su casa durante una fiesta. Eleazar, para desmentir tal acusación, azotó la imagen y le clavó un puñal en el pecho. Un chorro de sangre brotó de la herida de modo que todos quedaron maravillados. Muchos judíos se convirtieron al cristianismo y durante muchos años el Santo Cristo de Nicodemo fue adorado en la sinagoga de Beirut, convertida en templo cristiano.
Cuando los árabes invadieron la ciudad de Beirut echaron la imagen al mar Mediterráneo. Ésta atravesó el mar hasta llegar a la desembocadura del río Ebro. Subió contra la corriente, entró en el río Segre y lo remontó hasta Balaguer.
Las gentes del lugar querían sacar la imagen del río pero no lo conseguían. Avisadas las monjas clarisas, bajaron en procesión. La madre abadesa se arrodilló a la orilla del río. Una ola hizo que la imagen se acercara hasta sus brazos. Con mucha devoción y seguida por todas las clarisas y por todo el pueblo de Balaguer, la abadesa llevó a cuestas la imagen hasta el templo donde hoy día aún se venera.
Historia del Santuario
Desde hace muchísimo tiempo, el lugar donde se encuentra el santuario es un lugar de oración.
Hay que remontarse a los tiempos en que los árabes habitaban en Balaguer y tenían su nucleo urbano en el Pla de Almatà (Llano de Almatá).
Gran parte del edificio actual es de aquellos tiempos (siglo XII). Era de estilo románico. De él queda aún la puerta y el rosetón de lo que fue la fachada principal y que daba al Pla de Almatà. El altar mayor se hallaba situado donde actualmente está la puerta que da al lado del río. Tenía una nave y un crucero de bóveda de medio cañón. Los brazos del crucero iban desde las gradas del actual presbiterio hasta donde hoy día está el arco que sostiene el coro.
En el siglo XVII, a causa de la gran devoción creciente por los milagros atribuidos a la imagen del Santo Cristo, se amplió el tempo y se puso bajo la advocación de la venerada imagen. El altar mayor se ubicó en el brazo situado al norte. La entrada principal se abrió hacia el sur, mirando a la ciudad, y recibió una fachada totalmente plana y coronada por un arco con curvatura descendiente a ambos lados.
A fines del siglo XVIII se levantó la bóveda de la nave principal y se construyó el camarín para la imagen del Santo Cristo.
Durante los primeros decenios del siglo XX se construyeron la fachada y la entrada actuales.
La venerada imagen fue quemada el 28 de julio de 1936. Sólo el pie derecho se salvó de las llamas.
Por encargo de Pere Corberó i Trepat fue esculpida por los artistas Joaquim Ros y Josep Espelta de Barcelona una nueva imagen. Para el rostro de la misma se sirvieron de la mascarilla que se conservaba de la anterior. La nueva imagen, que tiene adosado el pie derecho de la antigua , fue bendecida por el obispo Ramon Iglesias Navarri y retornó a su lugar el 16 de marzo de 1947.
Siendo capellán del santuario Mn. Pere Ribes se hizo en 1972 la renovación del presbiterio. En 1973 el pintor Llucià Navarro decoró el camarín con frescos.
